情報科学 の Primer3に関する解説。

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Primer3

読み方、または別称:ぷらいまーすりー

Primer3(プライマー3)は、ポリメラーゼ連鎖反応 (polymerase chain reaction、PCR) 用のプライマーの設計支援ソフトウェアである。Primer3はオープンソースで、ウェブブラウザ上で、様々なパラメータを考慮しながらプライマーの設計ができる。
プライマーとはDNAポリメラーゼが DNA を合成する際に 3'OH を供給する役割をもつ短い核酸の断片で、試験管内のポリメラーゼ連鎖反応に使用される。ポリメラーゼ連鎖反応とはDNAを増幅するための原理またはそれを用いた手法で、PCR法と呼ばれることの方が多く、PCRを用いると、ゲノム配列上の特定領域を増幅することが可能になる。
ゲノム解析について、Primer3は増幅したい領域のゲノム配列からプライマー配列を求めることができる。
ただし、このプライマー配列はターゲット領域だけを増幅するものであると保証されていないため、Primer3等で得られたプライマー配列が、ゲノム配列上で1ヶ所にしか張りつかないことを確認するために、ゲノム、または転写産物に対して、STS(sequence tagged site)のプライマー配列を検索するツールのe-PCR等のプライマーマッピングツールを使用する。

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