情報科学 の GROMACSに関する解説。

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GROMACS

読み方、または別称:ぐろーまっくす

GROMACS(グローマックス)とは、グローニンゲン・マシン・フォー・ケミカル・シミュレーションズ(Groningen Machine for Chemical Simulations)を短くした言葉で、分仮想空間内に原子や分子を並べて原子間や分子間に力を与え、原子や分子を動かす子動力学のシミュレーションのソフトウェアのことである。
GROMACSはフローニンゲン大学で開発され、フリーソフトウェアとして配布されており、GROMACS、GROMOS、OPLS-AAが使用可能。AMBER, CHARMMは、インターネット上からダウンロードして使用することができる。
GROMACSは、タンパク質や脂質、核酸などの生化学的分子シミュレーションを最速で行うことを目標に設計されたソフトウェアパッケージであり、並列計算を行うこと前提にして制作され、平滑粒子エワルド法、非結合相互作用の任意形状、非明示的溶媒の一般化ボルン法をサポートしている。
GROMACSは、以前FORTRAN 77で開発されたGROMOSがベースになっており、プログラムの多くがC言語で開発されているほか、3DNow!やSSEなどの拡張命令を用いたアセンブリ言語ルーチンが搭載されて、高速計算を行うことができる。

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